Traitement d'images pour le tracking de semences en phase d'élongation

Projet de master 2 Systèmes Dynamiques et Signaux

Auteur : BENOIT Landry
Encadrants : BELIN Etienne et ROUSSEAU David
Acteurs du végétal : DURR Carolyne et DEMILLY Didier

English version

Mots clés

traitements d'images, phénotypage, tracking, semence, recherche


Résumé

Le contexte de ce projet est la conception et la mise en oeuvre de méthodes de traitement d'images pour l'automatisation du phénotypage des végétaux.
Le sujet du projet exploite le traitement d'images pour le suivi de semences en phase d'élongation. En particulier, on s'attache à la recherche d'une méthode permettant de détecter et de suivre les semences, même si des racines se croisent. Le projet comporte deux parties. La partie théorique consiste en l'étude bibliographique et l'établissement de l'état de l'art. Elle porte principalement sur les méthodes de détection de croisements existantes (la diffusion anisotrope, les snakes, Harris Corner, ...), déjà utilisées dans d'autres domaines comme la médecine (détection des veines), ou la circulation (détection des routes). La partie pratique consiste en la programmation des méthodes choisies pour le suivi des semences en phase d'élongation, même si les racines se croisent, puis à comparer les résultats des méthodes programmées.


Le suivi de trois espèces de plantules

Lors de ce projet on s'intéresse au suivi de plantules (mesures des différents organes) depuis le stade de la graine sèche mise à germer jusqu'à ce qu'elle soit devenue une plantule. il y a une certaine diversité dans les espèces étudiées et les conditions de prises de vue. Une plantule de Medicago truncula ou de betterave se compose de deux cotylédons (superposés sur l'image), d'un hypocotyle et d'une radicule. Une plantule de blé se compose de plusieurs racines, d'un épicotyle ainsi que du reste des réserves de la graine. Des séries d'images RGB de plantules à la verticale acquises en lumière verte et des séries d'images RGB de plantules à plat acquises en lumière blanche sont étudiées. On souhaite réaliser un algorithme permettant de tenir compte de cette diversité.


Le suivi de trois plantules de Medicago truncatula

L'algoritme réalisé permet le suivi de plantules même en présence de croisement. L'image ci-dessous illustre le suivit de trois plantulules de Medicago truncatula.


Documents téléchargeables

Les documents ci-après ne sont pas encore disponibles pour des raisons de confidencialités.

rapports : mars 2012 juillet 2012

présentations : mars 2012 juillet 2012

publication : VISAPP 2013